Ponad 100 kontroli tematycznych w ciągu ostatnich czterech lat przeprowadziła Najwyższa Izba Kontroli w Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad. Znaczna część dotyczyła prawidłowości realizacji inwestycji, wykonania budżetu państwa, programu rzeczowo-finansowego czy wykorzystania środków Krajowego Funduszu Drogowego, w tym wpływów i wypływów pieniędzy z tego funduszu. Kwestie dotyczące m.in. wysokości planu finansowego KFD i jego wykonania były badane przez Najwyższą Izbę Kontroli w latach 2008-2010. Także w 2012 roku Najwyższa Izba Kontroli kierowała do GDDKiA pytania i otrzymała stosowne wyjaśnienia dotyczące wypłat z Krajowego Funduszu Drogowego  W ramach prowadzonych kontroli weryfikowane były także płatności na rzecz Spółek Koncesyjnych, w tym ich  wysokości (obroty i salda), dokumenty finansowo-księgowe oraz plany rzeczowo – finansowe. 

 

Działania instytucji publicznych, w tym zwłaszcza obroty środkami publicznymi, muszą i podlegają stałej kontroli właściwych instytucji. 

Kontrolowana instytucja, zwłaszcza podlegająca tak intensywnym kontrolom jak GDDKiA, ma prawo poprosić o zawieszenie prowadzenia realizowanych działań kontrolnych, ze względu na obciążenie innymi obowiązkami. Obsługa instytucji kontrolnych wymaga bowiem dużego zaangażowania pracowników kontrolowanej jednostki. Z możliwości czasowego zawieszenia kontroli skorzystała w ostatnim czasie także Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad, która poprosiła Prezesa Najwyższej Izby Kontroli o zawieszenie kontroli realizowanej już w Centrali i sześciu oddziałach GDDKiA do czasu zakończenia Mistrzostw Euro w Piłce Nożnej. Celem było maksymalne skupienie się pracowników GDDKiA na realizacji zadań merytorycznych. Kontrola została już odwieszona.