GDDKiA prawidłowo realizowała w latach 2009-2012 przedsięwzięcia w systemie  partnerstwa publiczno-prywatnego (PPP) - oceniła Najwyższa Izba Kontroli. NIK pozytywnie oceniła przygotowanie GDDKIA do realizacji przedsięwzięć z udziałem partnera prywatnego polegających na podziale ryzyk i zadań pomiędzy partnera publicznego i prywatnego, a także nadzór GDDKiA nad realizacją tych przedsięwzięć zawartych w tej formule.

W badanym przez NIK okresie GDDKiA sprawowała nadzór nad realizacją czterech projektów w formule PPP. Były to przedsięwzięcia dotyczące budowy i eksploatacji autostrad oraz przystosowania autostrad do wymogów autostrady płatnej. W formule PPP zawarte zostały umowy:

•  o budowę i eksploatację autostrady A1 Rusocin-Nowe Marzy - Czerniewice z 31 sierpnia 2004 r.;
• o budowę i eksploatację autostrady A2  na odcinku Nowy Tomyśl-Konin z 12 września 1997 r.
• o budowę i eksploatację autostrady A2  na odcinku Świecko -Nowy Tomyśl  z 30 sierpnia 2008 r.
• o budowę oraz przystosowanie i eksploatację autostrady A4  do wymogów autostrady płatnej na  odcinku Katowice-Kraków z 19 września 1997 roku.

W wyniku przeprowadzonej kontroli, NIK nie sformułował żadnych wniosków pokontrolnych.