Najwyższa Izba Kontroli oceniając przedsięwzięcia realizowane w systemie partnerstwa publiczno-prywatnego (PPP) jako przykład dobrych praktyk wskazała GDDKiA. NIK podkreśliła istotne zmiany jakie wprowadzono w strukturze GDDKiA w 2008 roku. Zwróciła szczególną uwagę na odpowiednie podejście Generalnej Dyrekcji do kwestii przygotowania inwestycji i analizy poszczególnych jej wariantów pod względem wpływu danego wariantu realizacji na wielkość zobowiązań finansowych Skarbu Państwa.
Wśród pozytywnych praktyk GDDKIA NIK wymieniła również opracowanie matrycy ryzyk, która umożliwia symulacje podziału ryzyka pomiędzy stroną publiczną a stroną prywatną dla różnych wariantów realizacji inwestycji.
Jako przykład rzetelnych i starannych działań zmierzających do określenia optymalnej formy realizacji inwestycji publicznych, wypracowania efektywnego modelu ich finansowania oraz wyboru partnera prywatnego NIK wskazała przygotowanie inwestycji z udziałem partnerów prywatnych w GDDKiA dotyczące budowy fragmentów autostrad A1 i A2.