Diagnoza przedstawiona przez NIK w związku z kontrolą zdolności instytucjonalnej GDDKiA, jest zbieżna z analizą wykonaną w połowie maja przez nowe kierownictwo Dyrekcji i stała się elementem nowej strategii zarządzania tą instytucją.

Jak wynika z informacji NIK w GDDKiA w latach 2006-2007 istniała zła struktura instytucjonalna, brak było regulaminów i procedur wewnętrznych, brak prawidłowej kontroli finansowej i audytu wewnętrznego, prowadzono nienależyty nadzór nad wykupem gruntów i słabo wykorzystywano dostępne środki finansowe. W ocenie NIK prowadziło to do utraty możliwości realizacji dużych inwestycji drogowych przez GDDKiA.

Na bazie analizy dokonanej przez nowe kierownictwo GDDKiA i wyników kontroli NIK podjęto następujące działania:

- wyodrębniono wydział monitorowania realizowanych projektów (dotychczas nie było pełnej wiedzy o tym co, gdzie i kiedy powinno być realizowane)
- wprowadzono nowy statut GDDKiA (09 czerwca 2008 r.) i regulamin organizacyjny (16 czerwca 2008 r.)
- wyodrębniono Departament Środowiska, w celu zwiększenia nadzoru nad wykonywaniem raportów środowiskowych
- wyodrębniono Biuro Audytu Wewnętrznego i Kontroli (dotychczas w GDDKiA był tylko 1 kontroler, przy budżecie 121 mld PLN i 3,5 tys. Pracowników)
- przygotowano procedury do decentralizacji GDDKiA która zostanie wprowadzona w połowie września 2008 roku – razem z wejście w życie specustawy drogowej, przyjętej już przez Sejm. Procedury te dotyczą planowania, przygotowania i realizacji inwestycji drogowych.
- stworzono wzory wniosków o zezwolenie na realizację inwestycji, zgodnie z nową specustawą drogową
- przygotowano – do czasu wejścia w życie ustawy o udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko – propozycje postępowania w celu uzyskania pozwolenia na budowę
- opracowano procedury przeprowadzania negocjacji z koncesjonariuszami,
- podjęto działania by pełna wiedza o przebiegu negocjacji była w GDDKiA, a nie w firmach doradzających GDDKiA
- wprowadzono zmiany dotyczące wykupu gruntów, które polegają na tym, że do czasu wyboru ostatecznego wariantu przebiegu drogi, nie będą wykupowane grunty.
- dokonano przeglądu wszystkich zaległości w zakresie wydanych decyzji i rozpatrywania skarg i zaległości te są obecnie nadrabiane. Metodą jest np. kierowanie pracowników z komórek/oddziałów mniej obciążonych do tych, gdzie pojawiają się zaległości (np. z oddziału w Opolu do Departamentu Zarządzania Drogami i Mostami).
- przeanalizowano problemy kadrowe, pozyskując w ostatnich trzech miesiącach najlepszych specjalistów od kontroli i audytu oraz od wykorzystania środków unijnych; sukcesywnie prowadzone są także szkolenia podnoszące sprawność i umiejętności pracowników GDDKiA.

Dodatkowo w celu przyspieszenie procesu realizacji inwestycji z każdego Oddziału GDDKiA oddelegowani zostali pracownicy do Urzędów Wojewódzkich, w celu przyspieszenia wydawania kolejnych decyzji administracyjnych niezbędnych do przygotowania i budowy dróg.